Das BAES hat wesentliche Aufgaben und Befugnisse in der Kontrolle & Überwachung von Betrieben, die landwirtschaftliche Betriebsmittel in Verkehr setzen. Die Basis hierbei bilden Saatgutgesetz, Pflanzgutgesetz, Sortenschutzgesetz,  Pflanzenschutzmittelgesetz , Pflanzenschutzgesetz,  Futtermittelgesetz, Düngemittelgesetz, und Vermarktungsnormengesetz sowie geltende Rechtsgrundlagen zur illegalen Fischerei. Diese Inverkehrbringungskontrolle erfolgt gemäß eines risikobasierten Kontrollplanes und wird durch geschulte behördeneigene Kontrollorgane auf Basis nationaler und europäischer Rechtsvorschriften vollzogen. Ebenso fällt die Importkontrolle von landwirtschaftlichen Betriebsmitteln und Fischereiprodukten in die Kompetenz des Bundesamtes.